硅藻土呈疏松土状，孔隙率达80%~90%，能吸收本身重量1.5~4倍的水。硅藻土中的硅藻有许多不同的形状，如圆盘状、针状、筒状、羽状等。松散密度为0.3%~0.5%g/cm3，莫氏硬度1~1.5（硅藻骨骼微粒4.5~5μm）。
    硅藻土的颜色为白色、灰白色、灰色和浅灰褐色等。原土中杂质少，通常呈浅色，当杂志含量增加时，则呈现出灰色、灰绿色、灰色和浅灰褐色等深色。当原土中水分含量较高时，颜色也会变得深一些，干燥后颜色又变浅一些。
    松散密度是评价硅藻土质量好坏的一个重要指标，松散密度越小，原土质量越好。我国硅藻土一般为0.34~0.65 g/cm3，最低为0.32 g/cm3，最高为0.85 g/cm3。
    比表面积的大小与硅藻土中硅藻种类、外形、壳壁的孔纹大小和形态等因素有关，而与硅藻壳体的破碎程度关系不大，通常为19~65 g/cm3。
    孔体积与硅藻土中的硅藻种类有关，而与硅藻壳体的数量多少无明显关系。一般孔体积分布范围为0.45~0.98 g/cm3。
    硅藻土有细腻、松散、质轻、多孔、吸水和渗透性强的特性，是热、电、声的不良导体。熔点1650~1750℃，化学稳定性好，不溶于除氢氟酸以外的任何强酸，但能溶于强碱溶液中。